八國聯軍入京，朝廷出奔，舉國局勢一度混亂。黃飛鴻（趙文卓 飾）與父親黃麒英（劉詢 飾）、十四姨（王靜瑩 飾）、徒弟梁寬（莫少聰 飾）、鬼腳七（熊欣欣 飾）一行人南下番禹，欲與十三姨（關之琳 飾）、豬肉榮（鄭則仕 飾）、牙擦蘇（郭晉安 飾）匯合。師徒於路同擔心海盜奪糧的南粵米倉發生誤會，兩幫人不打不相識，黃飛鴻助其將盜米賊扭送衙門，驚覺盜米竟是差役領班謝四（張鐵林 飾）指使。原來南海海盜趁局勢混亂，活動頻繁，使番禹一地早無官員統制，差役不得已靠偷盜維持口糧。黃飛鴻有感謝四等人忠義，遂放棄赴港計劃，與當地海盜單眼英、張玉麟、張保仔等人展開連場搏殺……
　　本片是徐克執導黃飛鴻系列的第五部。