由於父母離異，剛滿10歲的忠志（神木隆之介飾）只好跟母親來到鄉下跟外公一起生活。一次偶然，忠志參拜神社時被選為“麒麟送子”。當地有個傳說，被選為麒麟送子的孩子可在大天狗山頂，拿到傳說中大天狗守護的飛劍。傳說那飛劍是用來維護和平的，夥伴們揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的寶劍。他在嘗試一半後，被嚇回來。
　　另一方面，千年魔人加藤保憲（豐川悅司飾）復活，他利用廢舊物品的怨氣，將其與抓來的妖怪們扔到大怨靈煉火中融合形成邪惡的怪物軍團，並率領它們企圖毀滅人類。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下，忠志通過了考驗。為了保衛世界，忠志決定和妖怪們齊心合力，和大惡人決一死戰，妖怪大戰爭正式展開！