殺人越貨的罪犯連續神秘死亡，人們將替天行道懲治惡人的基拉奉為救世主，警方對之束手無策。專門解決奇詭事件的天才少年L推斷，基拉有97\%的可能性身在日本，於是他離開洛杉磯飛赴日本。臨行之前，L心中浮起淡淡的預感——自己可能再也回不來了。

L與基拉——夜神月的展開了正面交鋒。這時，泰國的一個小村莊被人從大地上抹去了痕跡。L並不知道有一樁足以毀滅世界的重大陰謀正在醞釀之中。

L以自己的生命為代價設下陷阱準備一舉擊潰夜神月，不料，多年的搭檔渡意外身亡。L決定在自己最後的23天中解決渡所留下的任務。直升機送來了一箱給渡的禮物，裡面竟是一個男孩——他是遭滅頂之災的泰國小村的唯一倖存者。L從男孩隨身攜帶的磁碟資料中得知，該事件與恐怖的殺人病毒有關。此時，少女真希帶著父親的遺物來找渡，她也是這場陰謀的受害者。追蹤而來的殺手已然趕到，L帶著兩個孩子開始了逃亡。只剩6天了，L決定與陰謀者決一死戰。